Los botes (lanchas/pangas) son el medio de transporte más común en Bocas del Toro. El Pueblo de Bocas cuenta con varias empresas de taxis acuáticos y decenas de barqueros que brindan transporte entre las islas de Colón, Carenero, Bastimentos y Solarte. Si compra una propiedad en el Pueblo de Bocas (Isla Colón) o en estos destinos, realmente no necesitará un bote. Estos lugares se encuentran a 2 a 8 minutos en taxi acuático.
Las empresas de taxis acuáticos "Bocas Marine Tours" tienen viajes cada 30 minutos entre Bocas y Almirante. Se tarda 25 minutos en llegar a Almirante, con salidas desde las 6 de la mañana hasta las 6 de la tarde. También ofrecen viajes a Loma Partida (20 minutos de Bocas) y Chiriquí Grande (40 minutos de Bocas), donde se puede tomar un autobús a la ciudad de David.